同治十二年（1873）十
月初六，“钱生”的卖砒霜结到杭州，杭州知府陈鲁认为案已经于天，随即据供词及结定案：小菜因同谋杀夫罪迟，杨乃武以起意杀夫罪斩立决。
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清朝制度，刑案件逐级审理，陈鲁的二审，判决还报浙江按察使司（掌全省案狱的专职机构）核准。此时，卷宗中记载者葛品连的“鼻流血”已经被改为“七窍流血”。
浙江按察使蒯贺荪也是举。因为举程远，能够易娶到美貌的三四妾，杨乃武为个低贱的小菜毒杀，在当时简直是匪夷所思之事。因而蒯贺荪接到案卷，对于杨乃武顾举份因谋毒到可理解。为此，详阅览了全部卷宗，并自对杨乃武、小菜行了两次讯问。杨乃武、小菜经残酷的心折磨，均已经心灰意冷，毫反抗，竟然没有把住这好的翻案机会，依旧照供述。蒯贺荪还放心，又向负责初审的刘锡彤和二审的陈鲁询及案的经，是否有可疑的况。刘锡彤和陈鲁均拍脯保证，说此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，就召案犯、证画押通，将案件按照杭州知府陈鲁的意见报浙江巡杨昌浚。
杨昌浚接案，照例提审了杨乃武、小菜，但二担心再次遭受之苦，均依样画供。杨昌浚于同治十二年（1873）十二月二十结案，将结果报朝廷。只等朝廷批准，就可对杨乃武、小菜执行刑。
肆、北京告御状
杨乃武无辜蒙冤，其家刻也没有放弃营救的希望。其詹彩凤刚刚分娩产子，行，其姐杨贞顾旧时女抛头面的习俗，外多方打探，还自跑到仓镇找到“钱记仁堂”药铺，经询问钱坦的姚氏和仁堂的伙计，得知们药铺从没有卖砒霜。杨贞知冤枉，发誓拼也挽救命。
能能成功翻案，杨贞心里也没底。特意到杭州城隍山城隍庙签，占卜命运。结果到支签说：“荷开事方明，叶最有。观观观自在，金风到桂边生。”测字先生解解释说，到荷开时，冤可以洗刷，桂开时，就可以平安归了。又去扶乩，批了两句诗说：“若问归期在何，待到孤山梅绽时。”都是说杨乃武还有救，这给了杨贞莫的鼓舞和信心。
而狱中的杨乃武得知案已经报朝廷，知刑部批复旦，那就是铁板钉钉，再无翻案可能，自己的头就此落地说，还永久地背恶名，连累家。想到莫名其妙地遭此难，又甘心起，在狱中写了张申诉状，说自己是遭小菜攀诬在先，被审判官屈打成招在。在申诉状中，杨乃武列举了八疑问：如为何让本与“钱生”当面对质；如果与小菜有，又怎么会有意提租迫使搬家等等。
值得提的是，杨乃武还在申述中了小菜，甚至编造了许多并存在的谎言：如说小菜与余杭粮胥何芳有轨行为，杨乃武发现告诉了葛品连，葛品连为此打了小菜，小菜从此对杨乃武怀恨在心，所以才攀诬与其通谋毒；又说知县刘锡彤之子刘子翰与捕役阮德曾经向杨乃武敲诈勒索钱财，因未能得手，直寻机报复，于是就诬陷杨乃武与小菜。这些故事都是杨乃武临时造的，是可以报复小菜对的诬陷指证，二可以证明小菜与自己早有嫌隙，有诬陷的机，翻案更加顺利。但的事实证明，将为这些谎言付惨的代价。
这张申诉状写好被杨乃武的家分抄到杭州各级衙门，包括浙江巡和浙江按察使司，但基本石沉海，毫无静。杨贞见地方官员本重视，终于决定去北京告御状。同治十三年（1874）四月，杨贞带着杨乃武在狱中写就的申诉材料，踏了赴北京的漫漫路。同行的还有杨乃武岳家的工王廷南和王阿木。三先从杭州到海，再从海乘船到天津，再从天津走陆路，历时二十余天，这才到达北京。
因为女子能面，杨贞得委托工王廷南到都察院递申诉材料。递之，需先将递况报告给都察院。料王廷南走到都察院门时，突然害怕起，无论如何都敢去。王阿木只好冒称自己就是王廷南，代递申诉状。
都察院接到申诉状，认为杨贞、王廷南等违反律制越级告，予受理说，还派将三押解回乡，严厉警告三准再告。，都察院作为最监察机关，也是全无作为，还是了纸公文给浙江巡杨昌浚，重新复审此案。杨乃武、小菜案在当时看是伤风雅的事，杨昌浚愿意理会这等案件，也觉得案有什么可疑之，将案转给杭州知府陈鲁复审。陈鲁装模作样地又传讯了地保王林、东王心培等证，结果跟原审无异。杨昌浚按照原审判决报都察院。都察院见复审没有发现什么疑问，同意结案。
在这期间，杨贞多次到仓镇“钱记仁堂”药铺找关键证钱坦，也就是所谓的“钱生”，声泪俱地请能站说实话。钱坦敢招惹知县刘锡彤，为了避免杨贞纠，脆躲了起失踪。杨乃武家还多次去找原告葛品连的喻氏，请撤诉，并愿意以黄金地产酬谢。但喻氏是想为子报仇，二是畏惧官府，没有答应。分娩久的杨乃武子詹彩凤多次带着襁褓中的孩子到衙门哭诉冤，均无结果。
本这件案子看起已经毫无扳回的希望，但却意外因为媒的介入而有了转机。案发生的第二个月，新创刊久的《申报》（由安纳斯脱美查等英国商创办于同治十年，是中国最早的报纸之）对案件作了报，开始还是作为地方的刑事案件写，是娱乐众。但随着案反复审理，甚至都察院都介入了，《申报》开始作版面的跟踪报，时之间，浙江和北京两地无知无晓，并且越越多的开始关注此事，这其中就有著名的商胡雪岩。
胡雪岩，名光墉，字雪岩。是中国历史著名的徽商，其生经历跌宕起伏，充了传奇彩：本贫穷，幼年帮放牛为生，成从钱庄学徒开始起，通结朝中权贵显王有龄、左宗棠等，纳粟助赈，为朝廷效，跃成为显赫时的商。其最盛时，整个江浙商业都在其纵，资金达两千万两以，田地在万亩以。
杨乃武案发生时，胡雪岩正在杭州筹办胡庆余堂中药店。有个幕友名吴以同，刚好与杨乃武是同科举。吴以同与杨乃武相颇，知其为正派，此案必有蹊跷。将杨乃武的况告诉了胡雪岩。其当胡雪岩得知杨乃武姐杨贞正准备二次京、冒告时，为。派将杨贞接到自己的住，表示愿薄之，资助京的全部费用。
正在这个时候，浙江籍官员翰林院编修夏同善因丁忧期，准备起程回京。胡雪岩为其饯行时，有意让吴以同作陪，席间趁机说了杨乃武案的经。夏同善为震惊，当即答应鼎相助。
同治十三年（1874）七月，杨乃武子詹彩凤带着家帮工姚士法再次京告状。到达北京，二先去找了夏同善，夏同善暗中指点二再将申诉状给都察院，而是转给步军统领衙门。申诉状递去，更是被《申报》以《浙江余杭杨氏二次叩阍原呈底稿》为题全文刊登。其《申报》还步地比较中国与西方国家的法律现状，对于中国司法中的秘密审讯、滥用刑罚和官官相护等弊端给予了强烈的抨。时间，朝都在谈论杨乃武案。步军统领衙门倍，将申诉状奏慈禧太和同治皇帝。久，谕旨达，浙江巡与浙江按察使重新复查此案。
浙江巡杨昌浚接到谕令，为了表示先入为主，秉公执法，枉滥，将案子委托给新到任的湖州知府锡光和绍知府龚嘉俊、富阳知县许嘉德、黄岩知县陈善四共同审理。此次复审，杨乃武见审讯官员换了新，料到事有了转机，立即推翻原供，声称自己与此案本没有任何关系。小菜见这次没有刑，也趁机翻供，坚决否认自己毒了丈夫。
锡光虽然刚刚到任，却是个老头，看况妙，审了次就托词再参与，审讯官就剩了绍知府龚嘉俊和知县许嘉德、陈善。但审了几次，两名主犯就是认罪，三名审讯官也知该如何理。正是尴尬之际，同治皇帝突然驾崩，全国举哀，审案就此暂。拖了段时间，三名审讯官也管案件依然悬而未决，主向杨昌浚递了辞呈，请另派员审理。
光绪元年（1875）正月二十，光绪皇帝（帝名载湉，醇王奕子）即位，年仅四岁，由慈禧太垂帘听政。本新皇帝即位，照例赦天，但杨乃武、小菜案因审而未结，且案重，悖逆（古代子杀丈夫是以犯，被视为“逆”），因而在特赦之列。之审案时杨乃武、小菜翻供的消息已经被《申报》报，由于案反复，扑朔迷离，引朝瞩目。朝中少臣其是些浙江籍京官开始密切关注此事。本桩单纯的刑事案件，终于因为有朝中官员的介入，而引入了错综复杂的争背景。
光绪元年（1875）四月二十四，刑部给事中王书瑞（浙江）率先疏弹劾浙江巡杨昌浚等“复审重案，意存瞻徇”，指责浙江官员是有意拖延案，目的就是让杨乃武、小菜二犯和相关证堪折磨，瘐在牢中，从而可以草率结案，维持原判，以利考成（指官吏的升迁降贬）。王书瑞还步分析了造成这现象的层原因，说是杨昌浚明显怀有私心，以致“明知事有冤抑，只以回护同官，碍难从实办理，承审此案，现俱设法脱。以致久未能昭雪”，并指如果继续拖延，只会给杨昌浚机会让暗中布置杀杨乃武、小菜等灭。
这奏疏言辞非常尖锐，矛头直指浙江巡杨昌浚。而且王书瑞奏疏，京官应者云集，纷纷跟着书弹劾。杨昌浚时间成为众矢之的，得书为自己辩护，说决非有意迁延案，实在是因恰逢封篆，又遇国恤，兼有本省科考；又指杨乃武、小菜虽然翻供，但药铺老板“钱生”供词始终如；杨乃武家还多次到药铺闹事，胁迫“钱生”翻供。
管如此，由于此案闹得朝耸、家喻户晓，受到的关注度实在太，慈禧太还是决定理睬杨昌浚的辩护，派刚简放浙江学政的礼部侍郎胡瑞澜（湖北武昌）就近复审，并严命杨昌浚好生看管犯和证，旦有瘐毙发生，将给予严惩。这里特别强调句，杨昌浚（湖南湘乡）是湘军的重将领。关于湘军与中央朝廷的矛盾，《马案》中已经有明述。实际，从政治量开始介入杨乃武和小菜案，更为复杂的暗中角就已经开始了。案开始笼罩片霾。
胡瑞澜是个典型的文官，其以饱学闻名，所著传世的作品有《读史抄馆课诗赋》、《湘帆杂咏》、《越草》、《星轺杂纪》、《星轺续纪》、《海槎记》、《海槎续记》、《训士质言》、《士申约》、《士隅说》等。慈禧太选中，就是因为在浙江当地很有些名望。这样学富五车的审案，结果应该能令心。胡瑞澜的名望完全是自学术，本丝毫谙刑名，所以当杨乃武得知新任审讯官是胡瑞澜时，知翻案无望，在狱中自挽联：“举犯，斯文扫地；学台充刑台，乃武归天。”
杨乃武小菜已经成为举国瞩目的疑案，胡瑞澜被钦命为主审官，受命于峰尖，本也相当。而到杭州，浙江巡杨昌浚就派告知说：“此案已经反复审问多次，无偏无枉，宜易改，然引起士林，地方官吏今也难以办事了。”这实际是种威胁，既是说给胡瑞澜听的，也是说给朝廷听的。
